煤化工生产需要靠近煤炭出产地，但是我国煤和水资源又呈现严重的逆向分配格局，煤化工企业有80%分布在水资源匮乏地区，而其高耗水 势必会影响水资源匮乏地区脆弱的生态系统。而且，煤化工生产过程中不可避免地排放大量以二氧化碳为主的废气。美国环保署（EPA）按照全生命周期算法得出，煤制油在不考虑碳捕获与封存（CCS）的情况下完全替代石油炼制，其产生的二氧化碳将高出119%，即使考虑CCS也高出4%。杜克大学的研究表明，中国煤制气较传统天然气可能多产生7倍碳排放，比开发页岩气多耗用100倍水资源。
对煤化工的弊端，各企业根据当地的实际情况采用了一些特殊的方法来应对。如部分企业采用CCS技术应对高碳排放，但该技术仍然处于示范阶段且价格昂贵；还有一部分企业采用“碳汇林”手段应对高碳排放，即采用植树造林和森林保护手段来吸收和固定大气中的二氧化碳，其成本虽远小于工业处理，但是见效较慢。在应对高耗水方面，部分公司采用“水权置换”的手段应对生产过程中对于水资源的大量消耗，即在地区总用水量不变的情况下帮助当地农牧民的生产活动进行节水改造，用以换取工业用水指标。虽然以上手段都是企业自主运用于生产实践中且都有一定的效果，但其中的“行政手段”意味较浓，且都不适合大规模应用，无法有效地解决大规模集中发展煤化工项目所带来的问题。
作为企业，及时调整以适应新常态是下一阶段的主要任务，新常态的出现也会倒逼企业进行自我改革，甚至使一些不合格企业退出市场。煤化工的发展方向，不是由某一个企业或者机构说了算，而是由市场和生态环境说了算。我国是一个相对富煤国家，彻底摆脱对于煤炭资源的依赖是不可能也是不切实际的。
目前，煤化工项目应该充分考虑到为适应新常态而做出主动调整：适当保留少量较为成功的煤化工示范项目作为战略储备，以此为基础攻坚克难，利用技术手段大幅减少水资源和煤炭资源消耗、控制碳排放。煤化工大规模发展的前提，应该是产业的弊端可以得到有效控制，同时企业仍然有一定的盈利空间。从长远来看，在示范效果不明确、技术瓶颈无法突破的情况下大规模发展煤化工项目，在一定程度上依然是重复着先污染后治理的错误发展方式，不仅会使宝贵的煤炭资源过早地枯竭，更会造成负面效应的累积和放大，陷入越污染越治理，越治理越污染的恶性循环。
